Salmonellen sind stäbchenförmige Darmbakterien. Man teilt sie in zwei Gruppen: Die thyphösen Salmonellen sind Erreger von Thyphus und Parathyphus, sie kommen nur beim Menschen vor. Die Enteritis-Salmonellen sind Erreger von lokalen Darminfektionen, sie kommen u.a. in Nutz- und Haustieren vor. Da jedes rohe Lebensmittel potentiell mit tierischem Kot kontaminiert sein kann, sind Infektionen mit Enteritis-Salmonellen nicht selten. Massentierhaltung, Gemeinschaftsverpflegung, Fehler in der Lebensmittelverarbeitung und der Zubereitung von Speisen begünstigen die Kontamination von Lebensmitteln.
Die Schale von Eiern kann schon beim Legen mit Enteritis-Salmonellen kontaminiert werden. Denn bei Vögeln münden Eileiter und Harnleiter in den Enddarm, mit dem sie einen gemeinsamen Ausführungsgang haben. Weiter können die Eier durch mangelnde Stallhygiene mit Hühnerkot in Kontakt kommen. Beim Altern wird die Schale porös und die Salmonellen können dann auch in das Ei eindringen. Daher ist nach dem Legen ein Mindesthaltbarkeitsdatum festgelegt.
Eine durch Hühnereier ausgelöste Salmonellen-Epidemie gab es im Sommer 2014. In fünf europäischen Ländern erkrankten fast 200 von Menschen an einer Darminfektion, es soll ein Todesopfer gegeben haben. Für den in Verdacht stehenden Legebetrieb wurde verspätet ein Verkaufsverbot verhängt, der Geschäftsführer wurde festgenommen, er kam Anfang 2016 gegen Kaution wieder frei. Ein Jahr später hat die Staatsanwaltschaft Anklage erhoben. Auch gegen die zuständigen Aufsichtsbehörden und die Verbraucherschutzministerin werden schwere Vorwurfe erhoben (Süddeutsche Zeitung und Bayrischer Rundfunk berichteten).
Eier sollten nach dem Kauf bis zum Verzehr verpackt im Kühlfach lagern. Speisen mit rohen Eiern nicht bis zum nächsten Tag lagern – auch nicht im Kühlschrank. Salmonellen sterben bei Temperaturen von über 60°C innerhalb von Minuten ab, bei über 70°C innerhalb von Sekunden.