Mit dem „Bayern-Ei Skandal“ von 2014 befasste sich ein Untersuchungsausschuss des bayerischen Landtags, der im Juni 2017 einen Katalog mit etwa 350 Fragen vorstellte. Als letzter Zeuge trat im März 2018 Horst Seehofer auf, der ein Versagen der Lebensmittelkontrollen in Bayern bestritt. Im Mai 2018 wurde der Schlussbericht „Ei“ verabschiedet. Ein Ergebnis ist, es gibt viel zu wenig Lebensmittelkontrolleure in Bayern. Weiter spricht die Opposition von katastrophalem Krisenmanagement und von Desinteresse im Bayern-Ei-Skandal seitens des zuständigen Ministeriums.
Im Sommer 2014 war es zu einem europaweiten Salmonellen-Ausbruch mit etwa 200 Erkrankten und womöglich einem Toten gekommen. Gegen den Ex-Geschäftsführer Stefan Pohlmann erhob die Staatsanwaltschaft Regensburg im Januar 2017 Anklage wegen vorsätzlichen Inverkehrbringens von gesundheitsschädlichen Lebensmitteln, gefährlicher Körperverletzung und Körperverletzung mit Todesfolge. Weiter wird gegen Mitarbeiter von Kontrollbehörden ermittelt, denen Vertuschung vorgeworfen wird.
Im August 2017 kam deutschlandweit der „Fipronil-Skandal“ hoch. Eier aus Legebetrieben in denen das Insektizid Fipronil gefunden wurde, wurden zurückgerufen. Fipronil wird nach Angaben des Bundesinstituts für Risikobewertung u.a. gegen Flöhe, Läuse, Zecken und Milben eingesetzt; eine Anwendung in Legebetrieben ist nicht zulässig.
Der „Fipronil-Skandal“ war medial noch nicht abgeklungen, da rief die Firma Eifrisch Eier wegen des Verdachts auf Salmonellen zurück. Der Rückruf erfolgte vorsorglich, da nach einer amtlichen Untersuchung ein Salmonellennachweis nicht ausgeschlossen werden könne. Kurz vor Weihnachten 2018 rief die Firma Eifrisch erneut Eier wegen Salmonellen zurück.
Anfang 2018 rief der Geflügelhof Ertl KG Hühnereier aus Bodenhaltung zurück. Auf den Eierschalen wurden thermophile Campylobacter spp. (Campylobacter coli) festgestellt. Nach Verzehr können innerhalb weniger Tage Durchfall, Bauchschmerzen und gelegentlich Fieber auftreten; bei Säuglingen, Kleinkindern und Senioren kann es auch zu schweren Krankheitsverläufen kommen.
Eier kommen vom Huhn und sie kommen während des Legens und danach mit Schmutz in Kontakt. In den USA gilt daher: Eier, die nicht gewaschen und keimfrei sind, kommen nicht ins Kühlregal der Supermärkte. In der EU ist dagegen das Waschen von Eiern der Güteklasse A verboten.